Neu ist das automatische Starten von r4dspro.com-Flashkarten. Außerdem wurden die Startzeiten beschleunigt, wenn eine GBA-ROM im nativen Modus auf einem DS oder DS Lite gebootet wird. Zudem wurde das Problem behoben, dass A5200DS nicht auf DSi-/3DS-Konsolen im DSi-Modus startete.
In nds-bootstrap wird die Einstellung "Card Read DMA" automatisch deaktiviert, wenn ein DSi-enhanced bzw. DSi-exklusives Spiel im DSi-Modus gestartet wird, um Abstürze zu verhindern. Näheres in den Quellen-Links.