Der Ablageort von Speicherdateien kann geändert werden – so können diese entweder wie bisher in einem Unterordner "saves" des Rom-Ordners, direkt neben der Rom oder in einem Ordner "saves" unterhalb des "TWiLightMenu"-Ordners abgelegt werden. Wenn diese allerdings direkt im Rom-Ordner platziert werden, werden Speicherslots aus Performance-Gründen deaktiviert. Auch neu sind das Wood-UI-Theme und ein Bugfix für einen lang bestehenden Fehler, bei dem Icons in den R4- und DS-Classic-Themes fehlerhaft waren.
Das Spiel "Power Pro Kun Pocket 12" bootet nun auch auf dem 3DS im DSi-Modus und fehlerhafte Grafiken beim Verlassen des In-Game-Menüs und in den "Anno"-Spielen wurden behoben.